Bei der Biohaltung sind die Ställe und Auslaufflächen  identisch mit der Boden- bzw. Freilandhaltung. Das Futter ist zusätzlich aus rein ökologischem Anbau. Biogetreide und Bio-Hülsenfrüchte sind ein wesentlicher Bestandteil. Der Hagenauer Hof arbeitet seit vielen Jahren in diesem Segment mit drei Betrieben zusammen, die sich auf Bio spezialisiert haben. Dies sind die Geflügelhöfe Eberhardt aus Friedersdorf, Kurz aus Sachsenheim und Halder aus Hoßkirch.